PDC ialah kompleks besar yang terdiri daripada berbilang salinan 3 atau 4 subunit, bergantung kepada spesies.

Bakteria negatif Gram

Dalam bakteria negatif Gram seperti Escherichia coli, PDC terdiri daripada teras padu pusat yang terdiri daripada 24 molekul E2. Sehingga 24 salinan E1 dan 12 molekul E3 terikat di bahagian luar teras E2.[9]

Bakteria positif Gram dan eukariot

Sebaliknya, dalam bakteria positif Gram (cth., Bacillus stearothermophilus) dan eukariot, teras PDC pusat mengandungi 60 molekul E2 yang disusun menjadi ikosahedron. "Teras" subunit E2 ini menyelaraskan 30 subunit E1 dan 12 salinan E3.

Eukariota juga mengandungi 12 salinan protein teras tambahan, protein pengikat E3 (E3BP) yang mengikat subunit E3 ke teras E2.[10] Lokasi sebenar E3BP tidak jelas sepenuhnya. Mikroskopi krioelektron telah membuktikan bahawa E3BP mengikat setiap muka ikosahedron dalam yis.[11] Walau bagaimanapun, ia telah dicadangkan bahawa ia menggantikan bilangan molekul E2 yang setara dalam teras PDC lembu.

Sehingga 60 molekul E1 atau E3 boleh berganding dengan teras E2 daripada bakteria positif Gram - pengikatan adalah saling eksklusif. Dalam eukariot, E1 secara khusus terikat oleh E2, manakala E3 dikaitkan dengan E3BP. ADa kepercayaan bahawa sehingga 30 enzim E1 dan 6 E3 hadir, walaupun bilangan molekul yang tepat boleh menjadi berbeza-beza ini vivo, dan selalunya mencerminkan keperluan metabolisme tisu berkenaan.